不少人认为，科学是基于事实的，是客观、真实、可靠的，而信仰则是出自心念，是主观臆测和不可靠的。因此，追求科学者必须扬弃虚无飘渺的信仰，虔诚信上帝的人则无法搞科学。不是鱼死就是网破，两者尖锐对立，不能兼蓄包容。持这种观点的人有两条强有力的依据。第一是中世纪的教会对天文学家哥白尼、伽利略等人的逼害，足以表明信仰对现代科学的阻碍作用。第二是达尔文的进化论，一个相信进化论的人，怎么可能接受神用泥土造人的说法呢？我过去视这种观点为天经地义，现在却有了新的看法。
教会对哥白尼等人的迫害被当作教会因循守旧、反对科学的佐证，深深地印在许多人心上。哥白尼、伽利略受到压抑和迫害是事实，但从这一事实中导出的结论却有待商榷。对这些事实的经过及诱发因素作较详细的了解和公正的分析，有助于澄清问题。
庄祖鲲博士在《基督教与现代科学的发展》（载于《海外校园》第二期）一文中较为详细地分析了这一个案。其中有几点值得在此指出。
第一，哥白尼（1473～1543）是第一个提出地球绕太阳运转的“日心说”的天文学家。但他本人并未遭受什么迫害，因为他有意在临终前才将他的书印妥出版。长时期来人们以为他这样做是怕受教会的迫害：近代历史学家却发现，哥白尼真正耽心的对象不是教会而是那些持亚里斯多德宇宙观、坚信地心说的天文学家。事实上，极力鼓励哥白尼出版著作的人士中就有一名枢机主教和一位基督教（新教）的天文学家。身为波兰裔天主教徒的哥白尼，则在书的开端将此书献给当时的教皇。
第二，真正受到迫害的是伽利略（1564～1642）。他于1610年用望远镜的观测结果来支持哥白尼的日心说后，当即受到其他大学教授的围攻和教廷的警告。但因他的一位朋友继位教皇乌班八世，他便有恃无恐地于1632年出版了他的巨著。结果他被定罪，被软禁在意大利弗罗伦斯一座别墅里，度过了他人生的最后十年。但庄文指出，伽利略被定罪的主因并不是日心说（对此他事先已私下取得了教皇的默契），而在于他对教廷权威的挑战。他坚持认为神同时用《圣经》和大自然启示他自己，因此《圣经》中有关自然现象的经文应从科学观点重新解释，从而大大激怒了一直拥有解释《圣经》的最高权威的教廷，被定罪就在所难免了。
我个人认为，伽利略受迫害的主因是否是日心说并不十分重要。当时地心说被科学界和教会人士普遍接受。问题的关键在于，这种以地球为宇宙中心的观点，并非来自基督教或《圣经》，而是当时人们坚持的理性主义思潮的结果。《圣经》中根本没有关于所谓地心说的论述，连一点这方面的暗示也没有。所以，伽利略的受害与基督教信仰和《圣经》无关。乃是当时统治教会的人的失误。与伽利略同时代的天文学家凯普勒（KePler）同样公开支持哥白尼观点，但他却未遭到任何迫害。因为他住在马丁路德领导的“新教”（即基督教）的势力范围之内，天主教鞭长莫及。伽利略和凯普勒的不同境遇是很能为基督教信仰在哥白尼、伽利略事件上的无辜申辩的。
毋容讳言，一些科学家歧视、误解基督教信仰和《圣经》，确与一些神学家的失误有关。除了哥白尼、伽利略事件外，金新宇博士在《科学与基督教》一书中还列举了一些例子。比如，爱尔兰主教乌雪（JamesUssher，1581～1656）根据《圣经》中人类的家谱推算说，神造人发生在公元前4004年，但《圣经》中并没有这样说；当避雷针发明时，一些教会曾予以反对，认为这是不敬，打雷时应敲教堂的钟；1870年当莱特主教（MitionWright）访问美国一所基督教大学时，对该大学校长“我相信在未来五十年内人能象鸟高飞天上”的预言大为震惊：“能飞翔天空的只有天使，请你千万不要再提此事，不然你就会亵渎神了！”但三十年后，正是莱特主教的两个儿子发明了飞机，在北卡的上空飞行。……金新宇指出，过去一些教会领袖对科学缺乏认识，怀有成见，以为科学是反对《圣经》的，因此科学与基督教之间便有了不必要的鸿沟。
然而，这只是问题的一个方面。另一方面是，随着现代科学的兴起，相当一部分知识分子逐渐接受了人文主义（或自然主义）的世界观。他们高举人的理性，认为人是宇宙的主人，否定造物主的存在；他们崇尚科学主义和实证主义的哲学，以为科学是认识真理的唯一方法；强调真理的可经验性，拼弃一切于物质世界以外的客观实体，不承认任何超然的力量。正是在这种思潮的孕育下，达尔文的进化论迅速崛起，在短短的时间内席卷整个科学界、思想界。他们以这种世界观、方法论向基督教信仰和《圣经》提出严重挑战，酿成了科学与信仰两军对垒之势。
由于十九世纪下半叶和二十世纪初期一系列考古学上的重大发现的支持，《圣经》的历史性、无误性，至今不可动摇。可是，在进化论和创造性的对峙中，迷惑着、困惑者却不乏其人，笔者就曾是其中之一。如果进化论是真理，《圣经》必为谬论。如果进化论是科学，创造论必然反科学。如果唯有科学才可靠、可信，基督教信仰必然不可靠、不可信。这是我过去深信不疑的逻辑推理。其实，这是似是而非的。当人们对进化论的立论、根据作一番比较深入的了解后，就不难发现进化论一直面临着理论上、实践上的许多难题，并不是科学真理，只是一种未经证实的假说。现代科学的许多重要发现都支持创造论而不利于进化论。这些，在第六章〈进化论与创造论〉中我将详细讨论。
如果不是因一些神学家的失误和一些科学家的武断，越过自身的领域和能力彼此干预的话，科学和信仰本该是和谐一致的。神是借着大自然和《圣经》启示他的奥秘，科学则是研究神为大自然制定的各种规律。从根本上说，科学与《圣经》应是相辅相成，并行不悖的。根据盖洛甫统计，前三个世纪的三百位著名的科学家中，92％是神的信徒，其中几乎囊括了人们熟知的所有大科学家，如牛顿、焦尔、欧姆、法拉第、孟德尔、巴斯德、马克士威尔、蒲朗克、爱因斯坦等。在当今，各个领域的杰出学者、科学家、诺贝尔奖金获得者中，也不乏虔诚的基督徒。在他们身上，科学与信仰的和谐、统一得到了充分的彰显。
所以，认为科学与基督教信仰水火不容的观点虽有一定事实依据，而且在当今的知识界相当流行。但此种观点流于表面，并未触及事物的本质。